Die Novemberpogrome – von SA und SS als „Volkszorn“ organisiert – führte in der Nacht vom 9. auf den 10. November 1938 auch in Lübeck zur Zerstörung und Plünderung jüdischer Geschäfte (in der Breiten Straße, Schüsselbuden, Hüxstraße und Holstenstraße), der Synagoge und den der jüdischen Gemeinde gehörenden Wohnungen auf dem gleichen Grundstück.
Schon am 12.3.1933 wurde die Synagoge in der St. Annen-Straße von SA/SS durchsucht. Am 1.4.1933 erlebte Lübeck seinen ersten von den Nazis organisierten Boykott gegen jüdische Geschäfte.
Am 3.4.1933 forderte Anwaltsverein „die Säuberung der Rechtspflege von jüdischen Einfluss“. Dem schloss sich wenige Tage später die Lübecker Ärztliche Standesorganistaion an. Von nun an folgten Monat für Monat immer weitere Maßnahmen von staatlichen Behörden und Verbänden jüdische Lübecker_innen zu diskriminieren und nach und nach rechtlos zu machen.
Während der Novemberpogrome 1938 schreckte nur die unmittelbare Nähe zum St. Annen Museum die Nazis vor dem Anzünden des Gebäudes zurück. 1939 musste die jüdische Gemeinde das Grundstück an die Stadt abtreten. Das Gebäude wurde daraufhin vollständig umgebaut Fassade und die Kuppel der Synagoge wurden abgerissen. Das Gebäude wurde in „Ritterhof“ umbenannt und diente seit 1941 u.a. als Turnhalle und Aufbewahrungsraum für Theaterrequisiten.
Am 6. Dezember 1941 wurden ca. 90 Juden & Jüdinnen aus Lübeck in das KZ Riga abtransportiert. 1942 und 1943 folgten weitere kleine Transporte in das KZ Theresienstadt. Soweit bekannt, haben nur drei Menschen diese Transporte überlebt. Einige wenige sollen sich bis Kriegsende mit Hilfe von Freund_innen verborgen gehalten haben.
Die genaue Anzahl der jüdischen Menschen Lübecks, die Opfer der nationalistischen Verfolgung wurden, ist noch ungeklärt. Ihre Namen und Schicksale sind bis heute in Einzelfällen bekannt.
